A estrutura interna, comum a cães das mais variadas raças, é, assim como em grande parte dos mamíferos, dividida em quatro áreas maiores:
A primeira delas é o esqueleto, a rígida estrutura que sustenta o corpo e desempenha as funções de proteção, movimento, reserva de elementos químicos, como o cálcio, e a produção de glóbulos vermelhos nestes animais. Nos cães, que têm ao longo do corpo um total de 25 divisões ósseas maiores, observam-se dois fenômenos durante a fase referente a pré-puberdade: o aumento da espessura e do comprimento ósseos e a calcificação total da cartilagem de conjugação. Este sistema é ainda sustentado por ligamentos e tendões fortes e elásticos. O crânio, que tem por função principal a proteção do cérebro, é composto por treze ossos que se soldam logo após o nascimento e articulam-se diretamente à coluna vertebral, composta por sete vértebras cervicais, treze torácicas, sete lombares, três sacrais e um número variável de vértebras no comprimento da cauda. Já a caixa torácica é formada por dez pares de costelas, ligadas ao esterno.Também partes importantes na movimentação e locomoção são as articulações caninas, divididas em dois tipos: as sinoviais, que permitem grande mobilidade e estabilidade, e as não-sinoviais, soldas ósseas ao nível da caixa craniana cuja união se dá através de um tecido fibroso.Recobrindo estas duas estruturas estão os 34 músculos superficiais do cão, responsáveis por todos os movimentos voluntários ou involuntários, divididos entre estriados, lisos e cardíacos, e de funções flexoras, extensoras, abdutoras e adutoras. É na parte frontal que se encontra a maior concentração muscular dos cães. Entre as peculiaridades deste sistema estão o fato de permitirem um giro da cabeça de 220º e que as patas escavem e arranhem com força.
Internamente, nota-se ainda as topografias, que têm relação com os funcionamentos e as divisões dos órgãos caninos internos. É na topografia torácica que encontra-se o aparelho respiratório, composto pelas cavidades nasais, a faringe, quarenta aneis cartilaginosos formadores da traqueia, os brônquios, os bronquíolos e os alvéolos pulmonares, importantes para a vascularização dos pulmões. No tórax do canino também está o aparelho cardiovascular, cujo coração apresenta quatro cavidades, tem a forma predominante de um globo, está mais situado a esquerda do tórax e possui um tamanho que varia de 120 g à 15 kg, depenendo da raça. Este aparelho é composto ainda por outras oito partes. Já na outra topografia, a abdominal, está o aparelho digestivo, com 17 partes, que vão da boca ao ânus. As particularidades deste aparelho apresentam-se no volume considerável do estômago, devido ao regime carnívoro do animal, e na boca, cuja mastigação é pouco desenvolvida, o que deixa o trabalho digestivo quase completamente para o estômago. Também nesta área do corpo do canino, está o aparelho urinário, cuja diferença dos demais mamíferos reside no fato de um rim ser suspenso na cavidade abdominal, enquanto o outro encontra-se fixado sob a última vértebra torácica e as duas primeiras lombares. Outra peculiaridade presente neste sistema é o fato da uretra ser mais comprida e menos larga nos machos que nas fêmeas. O baço, também localizado no abdómen, é um órgão linfático que compõe o sistema de defesa do organismo, já que, quando o animal ingere mais alimentos do que pode suportar, acompanha o estômago para trás, sedendo-lhe mais espaço e evitando problemas digestivos. É ainda no baço que o sangue novo é fabricado em conjunto com a medula óssea.
